Međunarodna suradnja razvijena je na raznim osnovama. Suradnici Instituta su od samog početka njegovog djelovanja sudjelovali u radu Međunarodne komisije za znanstveno istraživanje Mediterana (CIESMM). Potpredsjednik te organizacije je uvijek netko od znanstvenih radnika ovog Instituta, a u mnogo navrata su radnici ove ustanove bili predsjednici i potpredsjednici raznih komiteta. Isto tako od osnutka odgovarajućih organizacija Institut surađuje s raznim agencijama Ujedinjenih naroda.
To su Generalni savjet za ribarstvo Mediterana (GFCM), Međuvladina oceanografska komisija (IOC), Svjetska meteorološka organizacija (WMO), Organizacija za ekonomsku suradnju i razvoj (OECD) i Program Ujedinjenih naroda za okolinu (UNEP). Bilateralna suradnja na raznim projektima postoji sa sljedećim državama: Italijom, SAD, Grčkom i Poljskom.
Aquamed: FP7 projekt razvoja akvakulture na Mediteranu
SESAME : Modeliranje i upravljanje ekosistemima južnih europskih mora
MEDAR – MEDATLAS II : Program pronalaženja i sigurne pohrane oceanografskih podataka Mediterana
IOF – referral centre for Croatia
IODE : Odbor za razmjenu oceanografskih podataka (IODE) koji djeluje u sastavu Međuvladine oceanografske komisije (IOC) UNESCO
IOF – referral centre for Croatia
SEA-SEARCH : Vrata za pristup podatcima i informacijama o moru u Europi
IOF – referral centre for Croatia
SIPAM : promote aquaculture. collect, organize and use local aquaculture data.
IOF – referral centre for Croatia
ADRIAMED : promote cooperative fishery and resource management between the countries of the Adriatic Sea
IOF – coordination and referral centre for Croatia, Slovenia and Albania
ADRICOSM : integrated coastal zone management system in the Adriatic Sea
EACE : East Adriatic Coastal Experiment
MEDITS : An international bottom trawl survey in the Mediterranean
MAMA: Mediterranean network to Assess and upgrade Monitoring and forecasting Activity in the region
PELMON : Determination Of Small Pelagic Fish Echo-Surveying Zones In The Adriatic Sea
DEMMON : Demersal fisheries monitoring and management along eastern Adriatic coast (Croatian territorial waters)
DOLCEVITA : Dynamics of Localized Currents and Eddy Variability in the Adriatic