Laboratorij za mikrobiologiju projektni je partner u projektu ECOMAP iz programa prekogranične suradnje (Interreg) Italija-Hrvatska 2014-2020.
Iako sudjeluje u aktivnostima većine projektnih paketa, glavne aktivnosti su u paketu 3 i to aktivnost 3.2 Karakterizacija kakvoće morskih vodnih tijela i sedimenata morskih i turističkih luka (Characterization of the marine water bodies and sediments quality of marine and tourist port areas). Nedavno je obavljeno jubilarno, 50. uzorkovanje morske vode na projektnim područjima u Hrvatskoj. Od početka provođenja aktivnosti (travanj 2019.), sa 28 kontrolnih točaka na tri područja istraživanja (lučica Špinut, lučica Strožanac i plaža u Podstrani) prikupljeno je preko 600 uzoraka morske vode. Napravljeno je preko 2000 ispitivanja na mikrobiološke parametre (Escherichia coli, crijevni enterokoki, heterotrofne bakterije, heterotrofni nanoflagelati i cijanobakterije). Institut je bio i jedan od domaćina sastanka projektnih partnera, koji je održan u Splitu u prostorijama projektnog partera Zdravi grad, 04-05.11.2020. Zbog trenutačne situacije i ograničenja putovanja, sastanak je održan online, a osim hrvatskih partnera sastanku su u živo prisustvovali jedino predstavnici talijanskog projektnog partnera Bibione Mare.
