Laboratorij u okviru ovog projekta procjenjuje ekološko stanja vodnih tijela na osnovi bioloških elemenata kakvoće, makroalge i morske cvjetnice u priobalnim i prijelaznim vodama. Za praćenje stanja u prijelaznim vodama primjenjuje se indeks CYMOX na cvjetnicama Cymodocea nodosa i Zostera nolteii. Ekološko stanje priobalnih voda se prati korištenjem indeksa POMI, koji se primjenjuje na cvjetnici Posidonia oceanica, te metode CARLIT koja se bazira na analizi zajednica makroalgi.