Znanstveno vijeće predstavlja centralno tijelo Instituta za oceanografiju i ribarstvo na kojem se raspravlja i odlučuje o znanstvenim pitanjima, u skladu sa ovlastima definiranim Statutom i Zakonom o znanstvenoistraživačkoj djelatnosti i visokom obrazovanju.
Zakonske ovlasti Znanstvenog vijeća su da:
- utvrđuje i provodi znanstvenu politiku Instituta,
- raspravlja i odlučuje o znanstvenim i stručnim pitanjima,
- provodi dio postupka izbora u znanstvena zvanja, kad je institut za to ovlašten,
- provodi postupke izbora na znanstvena, suradnička i stručna radna mjesta,
- imenuje i razrješuje dio članova upravnog vijeća instituta, u skladu sa statutom,
- predlaže Upravnom vijeću kandidate za natječajni odbor za izbor ravnatelja instituta,
- daje Upravnom vijeću instituta prethodno mišljenje u postupku donošenja statuta te
- obavlja druge poslove određene odlukom o osnivanju i statutom instituta.
Statutarne ovlasti Znanstvenog vijeća su:
- daje ravnatelju i predsjedniku Znanstvenoga vijeća mišljenje i prijedloge o ustrojbi rada i ostvarivanju uvjeta za razvoj znanstvene djelatnosti,
- razmatra prijedlog Statuta,
- razmatra prijedlog akta o unutarnjem ustrojstvu,
- razmatra prijedlog akta o ustrojstvu radnih mjesta,
- predlaže raspisivanje natječaja za znanstvenike i suradnike,
- brine o razvoju znanstvenoga pomlatka,
- podnosi ravnatelju prijedlog suglasnosti za natječaj za prijavu projekata,
- predlaže Upravnom vijeću kandidate za natječajni odbor za izbor ravnatelja Instituta,
- obavlja druge poslove koji proizlaze iz zakona, općih akata Instituta ili koje mu povjeri Upravno vijeće Instituta.